Mestonderzoek is betrouwbaar wanneer het regelmatig wordt uitgevoerd. Toch zijn er een aantal gevallen waarbij je geen wormeitjes ziet wanneer je de mest microscopisch onderzoekt.

• Bij lintwormen: lintwormen scheiden onregelmatig segmentjes gevuld met eitjes uit, deze zijn alleen per toeval te zien bij mestonderzoek. Toch blijkt ongeveer 20% van de paarden lintwormen te hebben.
• Bij aarswormen: vrouwelijke aarswormen komen naar buiten en leggen eitjes rond de anus, waardoor deze niet in de mest terecht komen en dus ook niet te zien zijn bij mestonderzoek. De plakband-methode is de meest succesvolle methode om aarswormen aan te tonen. U kan deze methode bij ons aankopen in de webshop.
• Bij horzellarven: horzels leggen eitjes op de onderbenen en manen van paarden. Deze ontwikkelen zich tot larven en verblijven in de maag. Ze leggen geen eitjes, waardoor ze niet aangetoond kunnen worden met mestonderzoek.
• De grote en kleine bloedwormeitjes zijn niet van elkaar te onderscheiden, onder de microscoop zien ze er identiek uit. Het verschil kan alleen aangetoond worden met een larvencultuur. Hierbij gaat men de eitjes bebroeden en de larfjes microscopisch bekijken. Aan de hand van een aantal uiterlijke verschillen kan men ze van elkaar onderscheiden.
• Mestonderzoek uitvoeren in de winter is minder betrouwbaar omdat de bloedwormen in een soort van winterslaap gaan. Hierdoor leggen de aanwezige wormen geen eitjes meer.
  Mestonderzoek kan hier dan een vals negatief resultaat geven, omdat er geen eitjes werden gevonden. Dit wil dan niet zeggen dat er geen wormen aanwezig zijn, maar wel dat er geen volwassen ei-leggende wormen aanwezig zijn.